suatu hari bus, Sakura Sakurakouji melihat ke luar jendela untuk melihat orang-orang yang dibakar hidup-hidup dengan api biru sebagai seorang anak seusianya tetap terluka dan berdiri atas orang-orang. Ketika dia kembali ke situs keesokan harinya, tidak ada mayat atau bukti dari segala bentuk pembunuhan, hanya api kecil.Ketika Sakura pergi ke kelas, dia menemukan pelajar transfer baru adalah anak yang sama dia melihat sehari sebelumnya. Sakura segera belajar bahwa ia Rei Oogami, keenam "Code: Breaker," jenis khusus pembunuh dengan kemampuan yang aneh dan anggota suatu organisasi rahasia yang melayani pemerintah. Character